Aalborg Kloster er en selvejende institution under Justitsministeriet (Civilstyrelsen). Stiftamtmand Leif Sondrup er bestyrelsesformand, og de øvrige bestyrelsesmedlemmer er: biskoppen, sognepræsten ved Vor Frue Kirke, domprovsten, politidirektøren og borgmesteren.

Klosterforstander Jens Aa. V. Schulz er siden 1999 daglig leder.